La aproape o jumatate de ora de la producerea atentatului de la Word Trade Center, cladirea Pentagonului a fost zguduita de o puternica explozie. Martorii oculari au declarat posturilor americane de televiziune ca explozia s-a produs datorita prabusirii unui avion peste o latura a cladirii. Pentagonul a fost cuprins de un puternic incendiu. Echipele de salvare au inceput, imediat, sa evacueze cladirea. Putin mai tarziu, o a doua explozie a afectat cartierul general al armatei americane. Conform imaginilor prezentate de CNN, o parte a cladirii Pentagonului, grav afectata de explozii, s-a prabusit. Un purtator de cuvant al Departamentului Apararii a afirmat ca una dintre explozii a fost provocata, probabil, de o bomba.
Un alt atentat s-a produs la Departamentul de Stat, atunci cand o masina-capcana a explodat. Cladirea, in care lucreaza, in mod normal, cateva mii de persoane, fusese evacuata in jurul orei locale 9.50.
Cladirile Casei Albe, Pentagonului si Departamentului de Stat fusesera evacuate, la mai putin de o ora dupa atentatul asupra cladirii World Trade Center din New York.
